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1900年8月，八聯攻陷北京，勢垂危。馬相伯將自在青浦、松江等的3000畝糧田捐獻給了耶穌會，想辦所西式學堂。耶穌會接受了他田產，卻沒有去辦學。1901年秋，馬相伯借徐匯老天文臺余屋(所屬耶穌會)，開始招收生徒辦學。1902年，在蔡元培等建議下，馬相伯決定要創辦學，并將學校命名為震旦學院。1903年2月27日，震旦學院正式成立，馬相伯自任院長，耶穌會派出些傳教士擔任教師，3月開始上課，有學生20人。

震旦，意謂"中華曙光"，源自古印度語Cīnsthāna(中)的音譯，含"東方日出旦明"之意。印度舊稱中為"云漢"、"震旦"、"脂那"、"、"神州"，均為同義。西文譯震旦為"Aurora"。

震旦學院創辦后，發展很快，至1904年初在校學生已經翻了4倍，1907年達到170多人，于是在在盧灣區(今重慶南路兩側)建立了座新校園。在傳教士P·H·阿萊任教務長時，震旦以法的學士學位教程為楷模，提出套三年制預科教程、套三年制高教程。高教程分文理兩部分，培養目標是使學生取得相當于法碩士學位的證書。

1932年，根據府教育部的有關規定，震旦學院以私立"震旦學"名義正式注冊登記，其理科改名為理工學院，分設數理學、機電工程學、土木工程學、工程學4個系，學制4年。工程學畢業生在鐵道、礦務、化工、電力和船舶制造等工業部門獲取職位，數理畢業生進入中的學和研究所，另有許多畢業生赴法繼續深造。1933年震旦有52名外籍學生入學，1934年共有來自22個的113名外籍學生。1937年秋，震旦創建了所立的女校，即震旦女子文理學院，院址在蒲石路(今長樂路)。

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到1947年醫學院學生人數達到290人之多，在教會創辦的醫院中，75%以上的醫師都是震旦醫學院的畢業生。震旦還設立了法學院，1917年開始授予碩士學位，1920年起授予法學博士學位，到40年代后半期，學生數過350人。1952年，新中整頓高等院校，取消私立院校。震旦學各院系分別被并入了的復旦學、華東師范學、華東化工學院、上海二醫學院等。